Le plan organisationnel d'ESGIS est formé comme suit :

• Une Direction Générale totalement polyvalente qui en plus de la gestion quotidienne de l’École s’occupe aussi des relations extérieures;
• Une Direction Pédagogique chargée de l’ensemble des activités académiques (programmes, plannings, examens, etc…) ;
• Une Direction administrative chargée du traitement des opérations de l’ensemble des activités administratives et qui veille à l’application stricte du ROI.
• Une Direction Technique chargée de la gestion du matériel (Ordinateurs, appareils de laboratoire, etc.)
• Une Direction Commerciale active et dynamique.

Un Règlement Intérieur régule les principes de fonctionnement et de déontologie. Ce document et le comportement des responsables de l’École ont entraîné l’émergence d’une culture d’entreprise au sein de l’École. L’efficacité de l’organisation résulte de la combinaison et de la mise en œuvre de facteurs d’émulation ainsi associés à une rigueur des contrôles.

Le personnel

Au plan de l’Organisation et de la Gestion du personnel, flexibilité et performance sont les maîtres mots.
L’équipe de Direction comprend dans chaque pays:

	Le Directeur Général Dans la structure actuelle le Directeur Général est le représentant de la structure vis à vis des Ministères de tutelle, aussi bien au TOGO qu’au Bénin. Il définit la politique générale de l'Ecole, la représente dans les relations extérieures
	Le Directeur Administratif et Financier Le « DAF », conseille la direction générale en matière de stratégies à moyen et à long terme. Sa mission consiste à organiser et à contrôler les services administratifs et financiers de l'entreprise à laquelle il appartient : comptabilité, personnel, administration, service informatique... il a un œil partout afin d'appréhender la structure financière de la société dans sa globalité.
	Le Directeur Pédagogique Propose annuellement les améliorations du contenu des programmes de formation à soumettre au Conseil Scientifique Donne l’orientation générale des cours Élabore les programmes des soutenances de mémoire, et la composition du Jury; Suit le processus d’accréditation et veille le cas échéant au renouvellement de l’agrément. Propose le recrutement des enseignants professionnels et universitaires au Président du Conseil. Supervise et contrôle l’applicabilité des décisions prises en matière pédagogique; Détermine la durée de l’année académique en accord avec le Conseil Scientifique et la Direction Générale; Suit le processus d’inscription des étudiants Contrôle la progression générale des cours Dirige le Conseil des professeurs.
	Les Directeurs des Études Ils assistent le Directeur Général spécialement pour l'organisation, la coordination et le contrôle du programme d'études. Ils assistent les étudiants dans la préparation de leurs dossiers mémoires. Il est le secrétaire permanent du conseil scientifique
	Le Directeur Technique Il veille au bon fonctionnement de tout l’équipement technique et pédagogique de l’ESGIS : Le matériel informatique Le matériel électronique Le matériel audio visuel Le matériel didactique en général (livres de la bibliothèque)
	Les Responsables Communication et Relations Extérieures Ils gèrent les opérations commerciales de la structure de l'ESGIS en fonction des directives de la Direction Communication et Relations Extérieures. Ils assistent les étudiants dans la recherche de leurs stages et éventuellement de leur emploi. Ils sont chargés : D’animer les campagnes d’information, D’assister les étudiants dans l’organisation des différentes activités socioculturelles de l’école, De toutes les actions communicationnelles de l’Etablissement, Des relations avec les Entreprises, etc
	Les Chefs du Département Informatique Réseaux Ils gèrent le département et le cycle Ingénierie en Informatique Réseaux Télécoms. Ils sont en outre chargés de mettre en œuvre la politique informatique et d’assurer le bon fonctionnement ainsi que l’évolution du système d’information en conformité avec les projets de développement du groupe.